1 ... 14 15 16 17 18 19 20 21 ... 74

The platon crystallographic package - səhifə 18

səhifə18/74
tarix04.12.2017
ölçüsü5.01 Kb.

with SHELXL HKLF 4 format (3I4, 2F8.2,I4,6F8.5). 
PLATON/ABST instruction file format: 

TITL text


CELL lambda a b c alpha beta gamma


FACE h k l d


...(etc)...


ABST mu 


Notes:

 
- d is the distance to a choosen reference centre inside the crystal 
- the dimensions of mu and d should be the same (i.e. 

mm

 or cm and their 
corresponding reciprocals) 
- Gaussian integration instead of M,T&A can be done by substituting the last instruction 
by 
'
ABSG
 mu nx ny nz', where nx, ny & nz are the 'gauss grid numbers in the x, y & z 
direction resp. 
PLATON/ABST may be run for 

name.ins

 through: 

platon name.ins

 
The corrected data are written to (SHELX HKLF 4 style): 

name.hkp

 
The standard published testdata (Alcock, N.W. (1974). Acta Cryst, A40, 332-335.) set 
'abstest' is included below and may be run with: 

platon abstest.ins

 
Three additional tests (test1, test2 & stand) are provided on the 
ftp-server
 illustrating the 
alternative use of 'absolute-psi'-values (Flack et al.) instead of direction cosines on 
'shelxl.hkl' (Adapted from the Alcock distribution): 

Absorption Correction Test Data and Results


Contents of abstest.ins: 
TITL ABSTEST
CELL 1.5418 10.0006 11.0002 12.0012 95.81 101.31 106.8
FACE 1 0 0 1
FACE 0 1 1 1.5
FACE 0 -2 1 0.5
FACE -3 0 1 0.3
FACE 1 1 -4 1.3
ABST 1.0
Contents of abstest.hkl 
   0   1   1     734       2   1-0.76194 0.84042-0.24264 0.41352 0.44558-0.28769
   0   1   1     734       2   1-0.87952 0.95800-0.01798 0.18886 0.19452-0.03663
   0   0   1     454       2   1-0.83199 0.86344-0.69424 0.71659 0.06645 0.06645
   0   0  -1     454       2   1 0.83199-0.86344 0.69424-0.71659-0.06645-0.06645
   1   2   3    2255       2   1-0.53890 0.89307 0.01820 0.39840 0.68323-0.19531
   1   2  -3     888       2   1 0.28445-0.11900 0.92766-0.64519 0.51498-0.82452
   1  -2   3    1355       2   1-0.53152 0.69757-0.97176 0.79426-0.20838 0.59637
   1  -2   3    1355       2   1-0.74569 0.91174-0.82812 0.65061-0.01234 0.40032

   1  -2  -3    1851       2   1 0.82116-0.84382 0.44390-0.75554-0.30546-0.10401
  -1   2   3    1851       2   1-0.82116 0.84382-0.44390 0.75554 0.30546 0.10401
  -1   2  -3    1405       2   1 0.53152-0.69757 0.97176-0.79426 0.20838-0.59637
  -1  -2   3     937       2   1-0.28445 0.11900-0.92766 0.64519-0.51498 0.82452
  -1  -2  -3    2237       2   1 0.53890-0.89307-0.01820-0.39840-0.68323 0.19531
Summary of the calculations: 
Crystal Face Defining Data
==========================
   Nr      h       k       l          Distance(mm)
--------------------------------------------------------------------------------
    1     1.00    0.00    0.00          1.000
    2     0.00    1.00    1.00          1.500
    3     0.00   -2.00    1.00          0.500
    4    -3.00    0.00    1.00          0.300
    5     1.00    1.00   -4.00          1.300
Points of Intersection of Planes
================================
                   Crystal System         Inters. of Planes
--------------------------------------------------------------------------------
    Vertex      x         y         z        Face  No.
--------------------------------------------------------------------------------
   1 =   1   0.10751   0.03693   0.17256     1   2   3
   2 =   2   0.10751   0.23524  -0.02575     1   2   5
   3 =   3   0.10751  -0.10472  -0.11074     1   3   5
   4 =   4   0.02617   0.03693   0.17256     2   3   4
   5 =   5  -0.05047   0.26684  -0.05735     2   4   5
   6 =   6  -0.08677  -0.13247  -0.16625     3   4   5
   NR      EDGE   LENGTH (mm)
==============================
    1    1    2     3.387
    2    1    3     3.594
    3    1    4     0.813
    4    2    3     3.775
    5    2    5     1.694
    6    3    6     1.849
    7    4    5     4.037
    8    4    6     4.090
    9    5    6     4.343
Analytical Absorption Correction Program
-------------------------------------------------------------------
(see. N.W. Alcock (1970). Cryst. Computing, p271)
:: Mu =    1.000 mm(-1)
Crystal Volume =   8.51033344209 mm3
   H   K   L       F**2     Sig(F**2)     Transmission      Volume (mm3)
   -   -   -       ----     ---------     ------------      ------------
   0   1   1     2191.85        5.97         0.33488        8.51033344209
   0   1   1     2367.26        6.45         0.31006        8.51033344209
   0   0   1     1336.56        5.89         0.33968        8.51033344209

   0   0  -1     1336.56        5.89         0.33968        8.51033344209
   1   2   3     7047.89        6.25         0.31995        8.51033344209
   1   2  -3     5286.08       11.91         0.16799        8.51033344209
   1  -2   3     5287.38        7.80         0.25627        8.51033344209
   1  -2   3     4360.63        6.44         0.31073        8.51033344209
   1  -2  -3     5513.00        5.96         0.33575        8.51033344209
  -1   2   3     5513.00        5.96         0.33575        8.51033344209
  -1   2  -3     5285.33        7.52         0.26583        8.51033344209
  -1  -2   3     5283.90       11.28         0.17733        8.51033344209
  -1  -2  -3     7045.97        6.30         0.31749        8.51033344209
:: Array Size Needed =   340
::    13 Reflections Processed
:: MIN  Transmission =  0.16799 for the   1,  2, -3
:: MAX  Transmission =  0.33968 for the   0,  0,  1
:: MEAN Transmission =  0.29318
:: Average Time per Reflection = 0.0013 Seconds

1.3.5.4 - ABSG – Correction for Absorption with Gaussian Integration


Absorption correction based on face indexing and integration on a Gaussian grid. A 
modified version of the Coppens code (see Crystallographic Computing, 1970) has been 
implemented in PLATON and adapted to fit into the direction cosine regime introduced with 
SHELX-76 (compatible with SHELXL97). 
Sub-Menu #0 – (

Section 1.4.16

) – Options
The related keyboard instruction: 

ABSG mu (nx ny nz) (NOCHECK)(LIST)

 
Two files are needed: 
1.

name.ins

 : instruction file
2.

name.hkl

 : reflection file (h,k,l,F^2,sig(F^2) + direction cosines)
with SHELXL HKLF 4 format (3I4, 2F8.2,I4,6F8.5). 
PLATON/ABSG instruction file format: 

TITL text


CELL lamda a b c alpha beta gamma


FACE h k l d


...(etc)...


ABSG mu (nx ny nz) 


Notes:

 

d

 on the FACE record is the distance to a chosen reference centre inside the crystal 
- the dimensions of mu and d should be the same (i.e. 

mm

 or 

cm

 and their 
corresponding reciprocals) 

nx

ny

 & 

nz

 are the 'Gauss grid numbers in the x, y & z direction respectively.
The Gauss numbers can be omitted or set to even numbers (e.g. 8).
High values (e.g. 32) should give accurate values similar to those obtained with 

ABST


However, computing time increases rapidly with increasing Gauss number values. 
PLATON/ABSG may be run for 

name.ins

 through: 

platon name.ins

 
The corrected data are written to (SHELX HKLF 4 style): 

name.hkp

 

:

afs
afs -> Meningoensefalit, meningoensefalit
afs -> Nb deze bovenstaande tekst wel weghalen!
afs -> Allergen Checklist for Food Suppliers or Manufacturers


Dostları ilə paylaş:

©2018 Учебные документы
Рады что Вы стали частью нашего образовательного сообщества.
?


the-schools-white-paper---143.html

the-schools-white-paper---148.html

the-schools-white-paper---152.html

the-schools-white-paper---157.html

the-schools-white-paper---161.html