1 ... 25 26 27 28 29 30 31 32 ... 74

The platon crystallographic package - səhifə 29

səhifə29/74
tarix04.12.2017
ölçüsü5.01 Kb.

ARU green 1565.01 
ARU-related colors are displayed with: 
COLOR ARU (on/off) 
or by clicking the 'col ARU' menu field 
This option may be combined with the 'Black-and-White' Patterns: 

BWC (on/off) 


1.4.4.23 - DefineToEnd


With this option, a set of bonds originating from a central atom to selected atoms will be 
replaced by a dash line to the corresponding centre of gravity. 
In general, this function will be used for bonds between a metal and atoms partaking in a 
unsaturated system (e.g. a C=C bond). 
Procedure: 
1) Click on the 'Define' menu box. 
2) Click on base atom ( in general a metal) 
3) Click on the atoms determining the centre of gravity to which a substituting dashed 
bond has to be drawn. 
4) Click on the 'End' field. 
Alternatively issue the keyboard instruction: 

DEFINE at1 TO at2 at3 at4 at5

 

1.4.4.24 - JoinDashDetach


Toggle for interactive JOIN, JOIN DASH and DETACH operations. 
The corresponding keyboard instructions are: 

(3.5.32) - JOIN/DETACH (DASH) Atom_name1 Atom_name2 (radius number_of_lines)


1.4.4.25 - Reset & END BUTTONS


The RESET instruction will bring the display back to a default STICK style plot of the molecule(s).
Return to main PLATON menu with 

END

 

1.4.5 – PLUTON SUB-MENU #3 (View)


1.4.5.2 - VIEW UNIT


UNIT orientation matrix, i.e. XO horizontal, YO vertical (up) and ZO pointing to the 
viewer. 

1.4.5.3 - VIEW MIN


Minimum overlap orientation (i.e. the major inertial axes are horizontal and vertical 
respectively). 

1.4.5.4 - VIEW XO



VIEW down XO. YO and ZO are horizontal and vertical (up) respectively. 

1.4.5.5 - VIEW YO


VIEW down YO. ZO and XO are horizontal and vertical (up) respectively. 

1.4.5.6 - VIEW ZO


VIEW DOWN ZO. XO and YO are horizontal and vertical (up) respectively.

1.4.5.7 - VIEW AFACE


VIEW From [1,1,1] to [0,1,1]

1.4.5.8 – VIEW BFACE


VIEW From [1,1,1] to [1,0,1]

1.4.5.9 – VIEW CFACE


VIEW From [1,1,1] to [1,1,0]

 


1.4.5.10 – VIEW INVERT


An inverted image with respect to the current image is obtained with this instruction.  

1.4.5.11 - VIEW LINE


View direction defined by two atoms. The associated two atoms can be entered by clicking 
on the centre of the corresponding atoms is the plot. 

1.4.5.12 - VIEW PERP


View perpendicular to three named atoms. The three atoms may be indicated by clicking on 
their centres in the plot. 

1.4.5.13 - VIEW BISECT


VIEW direction defined by the bisector of the angle atom1-atom2-atom3. The three atoms 
may be selected by clicking on the centers of the associated atoms in the plot. 

1.4.5.14 – Select Residue PLOT 


Either the complete set of residues (by clicking in the leftmost box) of individual residues 
may be displayed (by clicking in one of the other boxes). The number of boxes equals the 

number of residues (molecules) + 1. 

1.4.5.17 - LABEL ATOMS TOGGLE


Global atom labeling toggle. Clicking on the right box will also include H-atoms in the 
labeling.  

1.4.5.19 - Stepwise Rotation About Z


Stepwise rotation about Z (perpendicular to image). Step size and direction based on click 
position. 

1.4.5.20 - Stepwise Rotation About Y


Stepwise rotation about the horizontal axes (Y). Clicking in the central area gives small 
rotation steps.Clicking further from the center corresponds with larger rotation steps.
Clicking left from the center or right from the center determines the sense of rotation. 

1.4.5.21 - Stepwise Rotation About X


Stepwise rotation about the horizonatal axes (X). Clicking in the central area gives small 
rotation steps. Clicking further from the center corresponds with larger rotation steps.
Clicking left from the center or right from the center determines the sense of rotation. 

1.4.5.22 - COLOR OPTIONS


The assignment of color to plot-items can be done at four levels. 
1 - Global Color 
2 - Per Atom-type 
3 - Per Residue-type 
4 - Per ARU 

Option 1:


Instruction: 
COLOR BLACK/RED/GREEN/BLUE/YELLOW/ORANGE/VIOLET/BROWN 

Option 2:


Color assignment is done by default on the basis of element-type 
The default setting may be changed with: 
COLOR TYPE atom-type col (atom-type col ..) 
Color is switched on/off with 
COLOR (on/off) 
or implicitly with 

STRAW COLOR 
This option may be combined with the 'Black-and-White' Patterns: 
BWC (on/off) 

Option 3:


Residues (i.e. unconnected species) can be displayed with differing colors with: 
COLOR RESD 

Option 4:


ARU's may be given distinguishing colors with instructions such as 
ARU red 1555.01 1556.01
ARU green 1565.01 
ARU-related colors are displayed with: 
COLOR ARU (on/off) 
or by clicking the 'col ARU' menu field 
This option may be combined with the 'Black-and-White' Patterns: 
BWC (on/off) 

1.4.5.23 - Decoration Toggle


The boundary information (title, angles etc) may be switched (on/off) by clicking on 
DECORATION. 

1.4.5.24 - Graphics (META, POVRAY, RASMOL)


PLATON/PLUTON will generate by default an Encapsulated PostScript file of the image 
displayed on the Image Canvas by clicking on the leftmost box button (indicated with 
'EPS'). 
The Encapsulated PostScript default may be changed into HPGL with a code selection 
button on the PLATON opening window, or with one of the keyboard instructions 

set meta 


HPGL


In the PLUTON mode, there are two interfaces available to other molecular graphics 
programs. 
- Clicking on 'Pov' will generate a file '.pov' suitable for the raytracing program POVRAY.
POVRAY will be executed when implemented. 
- Clicking on 'Ras' will generate a 'PDB'structured '.ras' file suitable for the Molecular 
Visualisation Program RASMOL. RASMOL will be executed when implemented. 
The executables 'povray' and 'rasmol' are assumed to be globally accessible. Alternatively, a 
path may be given in environment variables. 
e.g. 'setenv POVEXE '/usr/local/bin/povray'

:

afs
afs -> Meningoensefalit, meningoensefalit
afs -> Nb deze bovenstaande tekst wel weghalen!
afs -> Allergen Checklist for Food Suppliers or Manufacturers


Dostları ilə paylaş:

©2018 Учебные документы
Рады что Вы стали частью нашего образовательного сообщества.
?


the-schools-white-paper---166.html

the-schools-white-paper---170.html

the-schools-white-paper---175.html

the-schools-white-paper---18.html

the-schools-white-paper---184.html