1 2 3 4 5 6 7 8 9 ... 74

The platon crystallographic package - səhifə 2

səhifə2/74
tarix04.12.2017
ölçüsü5.01 Kb.

was and still is very useful in providing collaborating chemists with the detailed results of a 
structure analysis. They can supposedly find most if not all answers to their geometrical 
questions in that listing. Over time molecular graphics tools (PLUTON for molecular 
packing analysis, ORTEP to present the refinement results in a single picture and 
CONTOUR to analyze the final difference map in detail) were integrated along with 
numerous other tools such as ADDSYM for the detection of missed symmetry, SQUEEZE 
for the handling of disordered solvent in a structure refinement, TwinRotMat for twinning 
detection in partially refined structures and FLIPPER for structure determination with the 
Charge Flipping method as an alternative for the standard SHELXS and SIR Direct Methods 
for structure determination. Two additional build-in tools make extensive use of all the 
above: CHECK for crystal structure validation (also used as part of the IUCr validation 
utility CheckCIF) and SYSTEM-S for automatic structure determination. 
PLATON is a research program that for that very reason appears to be never finished. There 
are always new horizons, new insights, new applications, loose ends and relevant bug fixes. 
The program is constantly improved and extended with new facilities as their need arises in 
the course of the variety of structure determinations that are carried out in our laboratory, 
the IUCr validation project, the handling of Acta Cryst. E & C papers and importantly also 
on the basis of valuable user reports and suggestions. In view of the large number of options 
of the program, combined with the unique characteristics of each new crystal structure 
examined with the program, problems may arise with unexplored non-standard applications. 
There are inescapably loose ends to be addressed in later versions or options needing 
additional fine-tuning in the field. The author will be interested in any user comment and 
suggestions for extensions to be considered for future program releases. New versions of the 
program and this manual are made available on the WEB with a relatively high frequency. 
For a bug report, please supply the relevant files where appropriate and with reference to the 
latest software version.
Thanks to my (former) collaborators and all users who took the time to contribute in so 
many ways to the development of the features and tools now present in PLATON and to the 
authors of crystallographic software and papers who may find some of their excellent ideas 
embedded into PLATON. 

0.2 – What Features does the PLATON Package Offer ?


It is useful to distinguish the PLATON tool (the original geometry engine) from the 
PLATON package (the collection of the available tools within the PLATON executable). 
The PLATON tool implements a large variety of standard geometry calculations, either fully 
automatic or as specified by the user:

Intra-molecular geometry


- Bonds
- Bond Angles
- Torsion Angles (Newman Projections)
- Least-squares Planes
- Rings 
- Cremer & Pople Puckering Analysis

- Puckering Descriptors
- Molecule Fitting
- TLS – Rigid Group Analysis
- R/S – Determination
- Hirshfeld Rigid Bond Test

Inter-Molecular Contacts


- Hydrogen Bond Analysis
- Ring-Ring Interactions
- C-H .. Pi Interactions

Coordination Geometry 


- Berry Pseudo-rotation (TBP-SP) 
- Coordination Descriptors
- Valence Bond Test

Additional PLATON Package Tools:


- ADDSYM (building upon Yvon LePage's powerful published MISSYM algorithm)
- VOID Search and Analysis 
           - TwinRotMat: Check for (analysis of) unresolved twinning based on FCF data.
           - Bijvoet Pair Analysis (Hooft Parameter)
- Utilities 
- Cell transformation 
- SHELXL input etc.), PDB & CIF output 
- Pathway to the CSD to search related structures. 
- Graphics 
- Automatic labelled 'ORTEP-lookalike plots 
- The molecular graphics program PLUTON 
- NEWMAN plots 
- Contoured (Difference) Fourier maps 
- Inspection for completeness of the dataset with ASYM-VIEW 
- Several filters 
- Exact (analytical/ de Meulenaer & Tompa) face-indexed correction for 
absorption 
- Psi-scan based correction for absorption 
- Correction with MULABS using multiple scanned reflections following the 
Blessing    algorithm 
- SQUEEZE for handling disordered solvents (formally called BYPASS [van der 
Sluis & Spek (1990]) in the structure refinement. 
- Validation 
- Validation checks for data supplied in CIF-Format implementing most 
published tests done in Chester on papers submitted for publication in Acta 

Crystallographica  + a large number of 'PLATON-related' tests. 
- Publication 
- Supplementary Material 
- CIF-generation for Acta Cryst. Sections C  & E
- Interfaces to other Packages 
- POVRAY 
- RASMOL 
- RASTER3D 
- CSD-CONQUEST 
- F3D 
- The SYSTEM-S Interface (SHELXS, SHELXL, SIR, DIRDIF)
- Data reduction of CAD4 data (program HELENA) 
Note: Most PLATON features are currently available for non-protein structures only. 
Depending on the desired type of calculations PLATON requires, similar to SHELX97, one 
or two ASCII files (vide infra): 
1. a coordinate (instruction) file (CIF, PDB, RES, FDAT, SPF) 
2. and optionally a reflection file (HKL, FCF) 

0.3 - PLATON has many Faces


PLATON comes with at least seven different faces, depending on the way the program is 
invoked in a terminal window. This is accomplished with command line options and UNIX 
style soft links.

PLATON

. The molecular geometry tool with access to most of the additional build-in tools. 
This is the (generic) native mode when the executable is invoked with the terminal console 
command 

platon

. More details can be found in 

Chapter 2

.

PLUTON

. The molecular graphics tool for the display of molecules in their 
crystallographic environment. This mode is entered, as opposed to being invoked as one of 
the PLATON menu options, when invoked (via a soft link to the  

platon

 executable) as 

pluton

 or (with the command line option '-p') as 

platon -p

.

 

 More details on PLUTON can 
be found in 

Chapter 3

.

SYSTEM S

. The crystallographic supervisor shell for structure determination. This mode is 
entered when invoked (via a soft link to the platon executable) as 

s

 or as 

platon -s. 

Details 
for 

SYSTEM-S

 can be found in 

Chapter 10


CIFCHK

. The CIF Validation tool. This mode is entered when invoked (via a softlink to the 
platon executable) as 

cifchk

 or as 

platon -u. 

Details can be found in 

Chapter 8

.

HELENA

. Data reduction (i.e. generation of 'shelx.hkl') from raw CAD4-data. This mode is 
entered when invoked (via a soft link to the platon executable) as 

helena

 or as 

platon -k

 . 
See 

Appendix-VII

.

STIDY

. Standardization of inorganic structural parameters following Parthe & Gelato (1984
). This mode is entered when invoked (via a soft link to the 

platon

 executable) as 

stidy

 or as 

platon -Y

.  Details can be found in 

Section 1.3.6.13

.

:

afs
afs -> Meningoensefalit, meningoensefalit
afs -> Nb deze bovenstaande tekst wel weghalen!
afs -> Allergen Checklist for Food Suppliers or Manufacturers


Dostları ilə paylaş:

©2018 Учебные документы
Рады что Вы стали частью нашего образовательного сообщества.
?


the-schools-white-paper---189.html

the-schools-white-paper---193.html

the-schools-white-paper---198.html

the-schools-white-paper---201.html

the-schools-white-paper---206.html