1 ... 4 5 6 7 8 9 10 11 ... 74

The platon crystallographic package - səhifə 8

səhifə8/74
tarix04.12.2017
ölçüsü5.01 Kb.

Notes:
1. The Lp-correction applied is that for the Debije-Scherrer technique. 
2. The reflection profiles are Lorentzian: L(x) = I(obs) / (1 + A * x**2). 
3.
Given a file 

name.fcf

 reflection CIF, no additional file will be needed: invoke 

platon 


name.fcf


4.
Given a 

name.cif

 and 

name.fcf

 a powder pattern is generated by invoking 

platon -P 


name.cif


5.
Given a 

name.ins

 and 

name.hkl

 a powder pattern is generated by invoking 

platon -P 


name.ins


Alternative keyboard instruction: 

POWDER IOBS (ttm)

 
The optional parameter 

ttm

 can be used to select the twotheta range: 
1 = 20, 2 = 40, 3 = 60, 4 = 80 and 5 = 180 degrees. 
 
Fig. 1. 3.1.10 – Powder pattern simulated from h,k,l, I(obs) data.

Command line options:

 

platon -P name.res

 - Direct path to I(obs) powder pattern on display. 

platon -o -P name.ins

 - Will produce an I(obs) powder pattern as a postscript file and a 

.cpi 


SIETRONICS style file. 
Sub-Menu #0 – (

Section 1.4.21

) –  Options 

1.3.1.11 – SimPowderP - Simulated Powder Pattern


A Powder pattern is generated for the supplied coordinate set in 

.res

.cif

 or 

.spf

 format. 
Alternative keyboard instruction: 

POWDER (ttm)

 
The reflection profile used is Lorentzian (Reverse Lp corrected I(calc)) : 
L(x) = I(calc) / (1 + A * x**2). 
The optional parameter 

ttm

 can be used to select the two-theta range: 
1 = 20, 2 = 40, 3 = 60, 4 = 80 and 5 = 180 degrees. 
A simulated powder pattern from the structure parameters in invoked directly with 

platon 


-Q name.ins

 etc. 

platon -o -Q name.cif

 will produce without display output a postscript file with the powder 
pattern and a .cpi file.
Sub-Menu #0 – (

Section 1.4.21

) –  Options 

1.3.1.12 – RadDisFun - Simulated Radial Distribution Function


A Radial Distribution Function (

Fig. 1.3.1.12-1

) is generated for the coordinate set supplied 
in 

.res

.cif

 or 

.spf 

format. Alternative keyboard instruction: 

CALC RDF (radius (width))

 
Example: 

CALC RDF 5 5 


Sub-Menu #0 – (

Section 1.4.28

) –  Options 
Fig. 1.3.1.12-1 – Radial distribution function.

1.3.1.13 – PATTERSON


This link generates a Patterson map (in terms of peaks). It is intended mainly for diagnostic 
purposes (i.e. to guess between a light verses an heavy atom structure dataset). Heavy atom 
structures are characterized by sudden drops in peak hight as compared to light atom 
structures. However multiple overlapping vectors of a planar multi ring molecule or a linear 
aliphatic chain may hamper a correct guess.
 
 

1.3.1.15 - PLUTON-Native


The PLATON subprogram PLUTON, a descendent of the stand-alone program PLUTON 
(an extended version of the program PLUTO (Motherwell & Clegg)), is from the user point 
of view an independent program. It is part of the PLATON package largely for operational 

and maintenance reasons, sharing common routines and data structures. PLUTON is 
internally called and used by several other PLATON tools.
Clicking on this button provides a direct path to the PLUTON tool using the input file as 
supplied in the PLATON invocation. Alternatively, PLUTON can be invoked directly via 
'platon -p' or with the instruction 'PLUTON NATIVE' in the input file. All other invocations 
of PLUTON will be driven by coordinate data generated by PLATON in order to have 
PLUTON-PLATON compatibility. 

Default instructions for PLUTON


PLUTON (i.e. the PLUTON path through PLATON) starts to read data from an input file 
(e.g. 

compound_name.res

). That file usually, but not necessarily, contains the pertinent 
data for the structure only. Before switching to interactive input (console or menu) a file 
named 

compound_name.def

 is read. This file may be used to execute a number of 
instructions before the first plot. 
Example of the contents of a 

.def 

 file:

STRAW COLOR


LABEL


PLOT 


Such a file is generated automatically when PLUTON is run in the PLATON-Compatibility 
mode via the 

PLUTONauto

 button. 
PLUTON comes with six sub-menus as detailed in the indicated sections. The default is #0. 
Other sub-menu's  are selected by clicking in one of the other OptionMenus box's.
Sub-Menu #0 – (

Section 1.4.2

) – Main Options
Sub-Menu #1 – (

Section 1.4.3

) – Plot Content Options
Sub-Menu #2 – (

Section 1.4.4

) – Plot Style Options
Sub-Menu #3 – (

Section 1.4.5

) – Plot Viewing/Orientation Options
Sub-Menu #4 – (

Section 1.4.6

) – (Interactive) Geometry Options
Sub-Menu #5 – (

Section 1.4.7

) – Auxiliary Options

1.3.2.1 - CALC ALL


A complete range of geometry and validation calculation is done. This includes a check for missed 
symmetry, intra- and inter-molecular geometry,  rigid body analysis, hydrogen bond geometry, 
coordination geometry and a search for missed solvent accessible voids in the structure.  The result 
of the analysis is written to a 

.lis

 file with a copy in PostScript format. See  

Appendix VI

 for a 
detailed explanation of the listing file and 

Chapter 2

 about the PLATON tool.

1.3.2.2 - CALC INTRA


The result of a completely automatic scan for intra-molecular geometry is written to a listing 
file including a search for planar parts and rings in a structure. The corresponding keyboard 
instruction is  CALC INTRA. This calculation is done automatically as part of a CALC 
instruction. A limited version of CALC INTRA is available as CALC GEOM. Aditional 

:

afs
afs -> Meningoensefalit, meningoensefalit
afs -> Nb deze bovenstaande tekst wel weghalen!
afs -> Allergen Checklist for Food Suppliers or Manufacturers


Dostları ilə paylaş:

©2018 Учебные документы
Рады что Вы стали частью нашего образовательного сообщества.
?


the-scientific-and-32.html

the-scientific-and-37.html

the-scientific-and-41.html

the-scientific-and-46.html

the-scientific-and-50.html