1 2 3 4 5 6 7 8 9 ... 74

The platon crystallographic package

səhifə1/74
tarix04.12.2017
ölçüsü5.01 Kb.

THE PLATON CRYSTALLOGRAPHIC PACKAGE 


DOCUMENTATION - VERSION 29-09-2010


© 1980-2010 A.L. Spek, Utrecht University, Bijvoet Center for Biomolecular Research,
National Single Crystal Structure Facility, Padualaan 8, 3584 CH Utrecht,The Netherlands.
E-mail: a.l.spek@uu.nl
Currently Preferred Citation of the Software: A.L.Spek (2009) Acta Cryst., D65, 148-155. 

Overview of the Content of this Document


Chapter  0
PLATON - General Introduction and Information
Chapter  1
PLATON - Implementation and Menu driven Instructions
Chapter  2
PLATON - Architecture and Keyboard Instruction Set
Chapter  3
PLUTON - Architecture and Keyboard Instruction Set
Chapter  4
ADDSYM - Missed and Pseudo-Symmetry Detection Tool
Chapter  5
VOIDS and SQUEEZE  - Detection and Handling VOIDS
Chapter  6
TwinRotMat - Detection of (Non-) Merohedral Twinning
Chapter  7
CONTOUR - Contoured (Difference) Density Maps
Chapter  8
PLATON/CHECK - Build-in Structure Validation
Chapter  9
FLIPPER: -Structure Determination with Charge Flipping
Chapter 10
SYSTEM-S - Build-in Structure Determination Shell 
Chapter 11
HOW TO – Solutions for Specific Tasks
Chapter 12
Frequently Asked Questions
Appendix I
Recognized Coordinate Data Input Standards
Appendix II 
Recognized Reflection File Data Formats
Appendix III
Space Group Symmetry
Appendix IV
Atomic Radii
Appendix V 
Algorithms
Appendix VI
The PLATON/CALC Listing Explained
Appendix VII
HELENA – Data-Reduction of CAD4 data.
Appendix VIII
COMPARE - Compare two FCF-files
Cited Literature References
Index: Where to find information on ? In this manual

Chapter 0 – General Introduction to the PLATON Package


 


The most recent version of this manual can be found at:
http://www.cryst.chem.uu.nl/spek/platon/PLATON-MANUAL.pdf
The associated test and example data can be found at:
http://www.cryst.chem.uu.nl/spek/platon/PLATON-MANUAL.data
This 

Chapter 0

 is meant as an introduction to the PLATON crystallographic software suite. 
Implementation and usage information of the various PLATON tools and options can be 
found in 

Chapter 1

. More detailed info for some of the available tools can be found in 

Chapters 2 to 10

Chapter 11

 provides HOW TO's for some of the most used tools. 

Chapter 12

 addresses a number of frequently asked questions. This manual describes the 
native UNIX platform (LINUX & MAC OS X) implementation of PLATON. The MS-
Windows version of PLATON is maintained by Dr. Louis Farrugia (Glasgow, Scotland). 
That version is essentially identical to the UNIX version. It is normally run under the 
control of an added toolbar but lacks the SYSTEM S part. 

0.1


 

– What is the PLATON Package About


The PLATON package brings together in a single program a collection of CIF and SHELX 
compatible tools that are used as part of a small molecule single crystal structure study. 
Most of the available tools are accessible via clickable options that are listed on the 
PLATON program opening menu (

Fig. 0.1-1

) that is displayed when the program is invoked 
with a data file such as a CIF. 
PLATON is a (currently) FORTRAN95 based program that is designed to be as independent 
as possible from external libraries with the long term maintenance issue of the program in 
mind. The graphics depends only on a simple subset of X-Windows C language calls that 
can easily be substituted by similar graphics calls on other platforms such as Microsoft 
Windows. The program is currently developed on the UNIX platform which includes 
LINUX and Mac OS X. A Microsoft Windows version is maintained by Dr. Louis Farrugia 
and is compatible with the UNIX version except for the absence of the SYSTEM-S 
component due to being too UNIX specific. A similar but less UNIX specific tool, based on 
structure solution with Charge Flipping (

see Chapter 9

), is under development. 
PLATON can be run in both the default graphical menu mode as in a non-graphical menu 
mode with keyboard instructions and listing output only. The latter option is mainly 
historical but can still be useful when the program is run over a low bandwidth connection. 
In addition, many program features such as structure validation are also available through 
option switches on the program calling command from a terminal window (

Section 1.1

). 
This is the filter mode of operation with files in and files out only. E.g. the instruction 

platon

 

-U name.cif

 will produce a structure validation report for the structure file 

name.cif 


on a file named 

name.chk

 (and 

name.ckf 

when

 

the

 

 corresponding 

name.fcf

 is found as 
well). A default ORTEP plot on the display is produced with 

platon -a name.cif

.
PLATON development started around 1980 (thus prior to SHELXL) and was originally 
designed to run within the constraints of a 60 bit CDC university mainframe computer.

Fig. 0.1-1

 – PLATON opening menu. The available and clickable tools are listed in the  
main block. The side menu offers access to various program options. More options are  
available by clicking in one of the other boxes in 'OptionMenus'. The name and type of the  
active input data files for structural parameters and reflection data are shown below the  
main block. When '

Browser

' is shown in this area, information  on a menu item is available  
by a right mouse click on that item.  At the bottom left, preceded by 

>>

 is a field for 
keyboard instructions to the program. In the lower right corner is an EXIT button as a short  
cut for leaving the program and a computing status message (MenuActive/Working). Entries  
in Blue are not active in the current setting. Red entries in the side menu are currently  
active options. Program messages and certain types of one line results may appear at the  
bottom of the window. The window can be refreshed by clicking on 'PLATON 10' in the top-
right of the window or with CTRL-L. The number 10 indicates the number of the active sub-
menu and acts as a reference for the information in 

Section 1.4

.
Subsequent development was done on an in-house Digital Equipment VAX/VMS cluster 
and currently on various UNIX platforms (LINUX and MAC OS X). It originally aimed at 
the automated generation of formatted tables of a variety of derived geometrical entities 
such as bond distances, bond angles, torsion angles, least-squares planes, ring-puckering 
parameters and hydrogen bonds. An exhaustive listing file could be produced  with a single 

CALC

 (

ALL

) instruction (see 

Appendix VI

) with  all derived parameters accompanied by 
standard uncertainties that were derived from the standard uncertainties in the primary input 
parameters originating from the at that time SHELX76 refinement program. Such a listing 

:

afs
afs -> Meningoensefalit, meningoensefalit
afs -> Nb deze bovenstaande tekst wel weghalen!
afs -> Allergen Checklist for Food Suppliers or Manufacturers


Dostları ilə paylaş:

©2018 Учебные документы
Рады что Вы стали частью нашего образовательного сообщества.
?


the-scientific-and-55.html

the-scientific-and-6.html

the-scientific-and-64.html

the-scientific-and-69.html

the-scientific-and-73.html